創建時期は不明。元々は現在地より木曽川の上流に鎮座し、永禄〜元亀年間は牛頭天王と称していた。 慶長年間の木曽川の洪水で社殿が流出し、流出先である現在地で以後祀られるようになる。 明治4年(1871年)、産霊神社に改称する。